Die zweite Rodungsperiode begann mit der Entdeckung zahlreicher Zinn- und Silberlagerstätten, so z. B. Altenberg 1445, Schneeberg 1470, Annaberg 1492 oder bei Marienberg 1519. Wiederum setzte ein Berggeschrei ein, das wesentlich mehr Personen anzog, als zu Beginn des Jahrtausends. Nun blieb es nicht bei der Gründung von Waldhufendörfern, vielmehr entstanden nun, vor allem im Westerzgebirge, Bergstädte wie Schneeberg 1477, Anna-berg 1497, Schlettau 1515, Joachimsthal / Jáchymov 1515, Gottesgab / Boží Dar 1523 und viele andere mehr.
Natürlich standen die Ausstattung der Gruben und der Abbau der Erze im Vordergrund, weiterhin benötigten Schmelzhütten, Hämmer und Glashütten enorm viel Holz, auch in Form von Holzkohle, Asche, Pech etc. Aber auch die vielen neuen Siedler benötigten Bau- und Feuerholz. Die landwirtschaftlichen Flächen mussten für ihre Ernährung um ein Vielfaches erweitert werden. Grubenholz zur Sicherung der Stollen benötigte man im sächsischen Bergbau verhältnismäßig wenig, da einerseits das Gestein fest war und andererseits der Seifenbergbau (Abb. 2) noch bis ins 18. Jahrhundert hinein betrieben wurde. Viel mehr Holz brauchte man für den Bau von Maschinen und Künsten, die damals komplett aus Holz bestanden. Besonders starke und lange Stämme musste man für die Wellen der Wasserräder einsetzen.
Der weitaus größte Teil des Holzes musste zur Gewinnung von Wärmeenergie eingesetzt werden. Bald waren die Wälder um die Bergstädte abgeholzt und man musste Ressourcen nutzen, die oft viele Kilometer vom Verbraucherort entfernt lagen. Der Transport von Feuerholz per Achse war jedoch nur rentabel, wenn die Transportzeit nur maximal sechs bis sieben Stunden betrug, was einer Entfernung von 15 bis 30 km entspricht3. So legte man Flößen an, auf denen das Holz bis in die Nähe der Bergstädte triftete. Effektiver war die Nutzung von Holzkohle. Wenn ein genügend großer Baumbestand in der Näher war und die Holzkohle problemlos zur Hütte transportiert werden konnte, wie das etwa in Grünthal der Fall war, entstanden Kohlenmeiler im Wald. Meist standen sie jedoch am Ende der Flößen, wie in Görsdorf und Blumenau. Von hier transportierte man die Holzkohle mit Fuhrwerken nach Freiberg. Im Jahr 1557 mussten innerhalb eines Vierteljahres 5.377 Wagen Holzkohle, was ca. 40.000 m3 entspricht 4, von Blumenau und Görsdorf nach Freiberg gebracht werden. Noch heute belegt die bis zu 12 m tief ausgefahren Hohle bei Olbernhau-Reukersdorf, wie intensiv dieser Weg genutzt wurde.
Zum Flößen wurden entweder natürlich Flussläufe oder künstlich angelegte Flößen genutzt. Da viele kleine Bäche eigentlich nicht als Flöße geeignet waren, baute man in ihren Quellgebieten Flößteiche, die zu einem bestimmten Zeitpunkt abgelassen werden konnten. Damit erreichte man, dass ein ansonsten kleiner Bach so viel Wasser führte, dass das Flößen möglich war. Aber auch sehr große Teiche, wie der Filzteich bei Schneeberg (1483), die Großhartmannsdorfer Teiche (1452) oder der Galgenteich bei Altenberg (1553), dienten dem Bergbau und öffneten den Wald. Aber nicht nur aufgrund der starken Entnahme und der intensiven Nutzung der Wälder verschlechterte sich deren Zustand. Die abgeholzten Flächen wurden sich überlassen, sodass lediglich vornehmlich Birken, Ebereschen und Fichten nachwuchsen. Natürlich traten auch zu dieser Zeit Schäden durch Naturkräfte wie Schnee, Sturm und Insekten auf. Sehr häufig berichteten Zeitzeugen über Dürrejahre und Waldbrände. Auch übergroße Wildbestände schädigten den Wald, vor allem durch den Verbiss. Auch gab es wahrscheinlich bereits Immissionsschäden in der Umgebung der Schmelzhütten, die durch die schwefel- und arsenhaltigen Abgase hervorgerufen wurden. Dennoch blieben die Waldgebiete, die mit der damaligen Technik nicht erreichbar waren, als Bergmischwälder, in denen Tannen, Buchen und Edelbaumarten wuchsen, bestehen.
Bis Anfang des 16. Jahrhunderts durfte jedermann seinen Bedarf an Holz ohne Einschränkung in den Wäldern decken. Auch das führte zu einem immer schlechter werdenden Waldzustand, der nun eine Regelung verlangte. So entstand im Jahr 1560 die erste von Kurfürst August erlassene „Holtzordnung im Gebürgischen Creyße“. Sie führte nicht nur auf, wie viel Holz welche Gewerbe und bergbauliche Einrichtungen bekommen, sie nannte auch Dorfbewohner namentlich und wie viel Holz welcher Art ihnen zusteht. Sicher änderte das die freie Entnahme des Holzes aus den Wäldern. Notwendige Forderungen, wie etwa die Wiederaufforstung, werden noch nicht vorgeschrieben, jedoch beschäftigt sich ein großer Teil mit jagdlichen Belangen, die vornehmlich für den Kurfürsten von Interesse sind.
Dennoch hatte diese Holzordnung natürlich Wirkungen. Deutlich wurde diese auch an den Veränderungen für die Glashütten. Während vor 1560 die Glashütten die Bäume schlagweise so lange abholzten, bis der Transport zu aufwendig wurde, war dies danach nicht mehr möglich. In dieser Holzordnung wurde festgelegt, dass die Glashütte Crottendorf ihren Betrieb einstellen sollte. Als Grund dafür wurde der schlechte Waldzustand angeführt, jedoch dürfte auch eine Flöße, die der Glasmeister angelegt hatte, ein Grund dafür gewesen sein. Nun wurde jedoch diese Flöße für den Bergbau, vielleicht auch für die Versorgung der Bergstädte, benötigt. Aber es wurde auch festgehalten, dass für die Versorgung der Leute mit Glas in diesem Gebiet eine neue Glashütte gegründet werden solle. Dies geschah im Jahr 1571 durch den Heidelbacher Glasmeister Sebastian Preußler. Die neue Glashütte wurde in der Jugel, heute ein Stadtteil von Johanngeorgenstadt, errichtet. Diese Flur lag nicht nur so weit von anderen Siedlungen entfernt, dass das Holztransporte mit dem Fuhrwerk nicht möglich waren, es war auch das Waldstück, in dem sich die Bäume mit der schlechtesten Holzqualität befanden. Für die Glashütte, die acht Wohnhäuser und die Brettmühle durfte eine Lichtung von 0,5 km2 geschlagen werden. Das Holz für die Glashütte durfte nicht mehr schlagweise gerodet werden, es wurde nun vom Amtsförster je nach Eignung als Grubenholz, für Bauholz oder Holz für Maschinen selektiert. Für die Glashütte standen insgesamt 45 km2 Waldfläche zur Verfügung. Daraus durfte der Glasmeister jedoch nur schlechtes Holz entnehmen. War kein Holz minderer Qualität mehr vorhanden, durfte Weiteres nur nach Anweisung des Amtsförsters entnommen werden. Die Glashütte war hier bereits Ende des 16. Jahrhunderts in einem gewissen Grad als Waldpflege eingesetzt worden. Zu dieser Zeit hatte die kurfürstliche Jagd einen hohen Stellenwert und so war die Säuberung des Waldes auch dazu notwendig. Die Entwicklung der Waldbestände stand dagegen bis um 1600 nicht im Vordergrund der damaligen forstwirtschaftlichen Bestrebungen.